中青报客户端讯（中青报·中青报记者 杨杰）北京时间9月25日，国际顶级杂志《细胞》杂志在线发表了出土“最古老奶酪”的系统古微生物基因组研究成果产于新疆小河墓地。该研究成果由中国科学院大学人文学院考古人类学系杨一民教授和中国科学院古脊椎动物与古人类研究所付巧梅研究组贡献新疆大学文物考古研究所、国家文物局考古研究中心。与北京大学第三医院等单位合作完成。该论文为共同第一作者刘一辰和付巧梅，共同通讯作者为付巧梅和杨一民。
该研究被Cell评选为重点推荐论文，是全球首个针对古代乳制品遗骸的宏基因组研究。从大约 3,500 年前的三个古老奶酪样本中提取了高质量的开菲尔乳杆菌 ( kefir) ( ) 基因组，并发现其形成了与欧洲菌株不同的分支，揭示了另一种独立的东亚开菲尔乳杆菌菌株。陆地传输路线；通过探究开菲尔乳杆菌的适应性进化过程，阐明新疆塔里木盆地古人的生活方式、科技文化的交流与发展，以及开菲尔乳杆菌与自然生态的共同进化、互利共生。进化时间尺度上的人口。分子机制。
食品发酵是人类历史上最古老的利用微生物的生产实践。不同的民族文化对食品发酵有自己的偏好。商业模式的转变和农业的发展也与发酵技术的演进密切相关。发酵乳制品可能是最早的发酵食品。虽然人类食用发酵乳制品的历史悠久，但目前人类历史上并没有发酵微生物的应用和技术交流的历史，以及发酵微生物本身尤其是发酵微生物的进化史。人们对长期驯化条件下功能基因的进化知之甚少。
新疆小河墓地平面图、出土样品和奶酪样品的微生物组成。国立科学技术大学供图
新疆小河墓地出土的“奶酪”样本是迄今为止发现的最早的奶酪制品，此前通过古代蛋白质组学鉴定为开菲尔奶酪。它源自开菲尔酸奶，由开菲尔谷物（类似于蒸馏酵母）制成。在牛奶中发酵；该研究发表在2014年国际科技考古旗舰期刊《of》上，并被作为研究亮点进行报道。此后，研究团队进行了长达11年的古DNA提取、分析和解读；特别是，付巧梅团队独立设计了乳酸菌全基因组位点探针，并从仅含0.43-0.55%乳酸菌的开菲尔干酪样品中捕获。 64-80% 的乳酸菌富集使得研究第一个古代全基因组成为可能。
通过重建其发酵微生物群落，本研究进一步证实该奶酪产品是由开菲尔乳酸菌发酵而成，并且用于制作开菲尔奶酪的产奶山羊来自于新石器时代后广泛分布于欧亚大陆的一个分支。 ，而不是同时分布在东亚内陆的驯养山羊。这一结果表明，新疆塔里木盆地古人对开菲尔酸奶的发展很可能与这一时期与欧亚草原民族的交流有关。
本研究通过分析古新疆开菲尔乳杆菌的系统发育关系，揭示了开菲尔乳杆菌新的传播途径。研究发现，用于发酵的开菲尔乳酸菌分为两个重要的分支。其中一支主要包括来自欧洲（德国）、亚洲沿海和岛屿地区的毒株，这一支与从高加索地区向欧洲以及亚洲和东南亚沿海的传播一致。另一支主要包括分布于东亚内陆地区（包括西藏）的菌株。新疆塔里木盆地古人用来发酵开菲尔酸奶的菌种就来自这个分支，位于基部。这表明，通过技术和文化交流，开菲尔酸奶制作技术从新疆传播到东亚内地，还有另一条传播途径。
研究发现，开菲尔乳杆菌两个分支的分化很可能是由于它们的共同祖先在首次驯化后在不同种群中传播而造成的，代表了不同古代种群在应用和驯化发酵微生物过程中的迁移路线。并沟通。
